完善法人治理结构。一是要规范管理组织，强化各自职能的正确发挥，真正形成股东代表大会、董事会、监事会和行长之间权责分明、相互制衡、相互协调的法人治理结构。二是健全议事规则和决策程序，防止权力的滥用和决策失误。三是充分发挥监事会职能，建立常规审计、专项审计和离任审计制度，建立信息披露制度、经营管理层建立经营情况报告制度和董事会、监事会、股东代表大会相互制约监督办法。
加强内部控制建设。一是健全组织机构,分清管理权责,为设计、执行、控制和监督活动提供基本的框架,使各机构、各职位做到有效的配合和整合,使组织体系在相互制衡的前提下协调高效的运行。二是要加强经营管理者的内部控制意识。商业银行内部控制的成败取决于全体干部员工的控制意识和行为,而商业银行管理者内部控制的自觉意识和行为又是问题的关键。三是将内部岗位进行职责细分，不同岗位职责分配要合理、科学，体现相互制约的目标，要明确每个员工的岗位责任，使每个员工在其岗、明其责，这样每一岗位必须对内控措施的落实承担责任，重点是会计、信贷控制体系的完善和严密，进而建立全面的岗位责任体系。
制定内部控制标准。为改善内部控制普遍薄弱的难题,农村商业银行应该在治理结构的同时并规范公司的内部控制,明确管理者对内部控制应承担的责任,使其真正意识到内部控制的重要性,才能以相应的规范为依据来判断银行信息的公允性、真实性。
构建内部控制体系。一是要对所有的内控制度进行清理、废止、完善、补充。二是所有内控制度的制订都必须在法律法规、部门规章的框架内进行,需要通过一定的程序才能生效的制度,必须履行必要的法定程序。三是内控制度要涵盖所有的经营管理和业务领域,不能留有盲处或空白地带。四是制订内控制度要有一定的前瞻性和超前意识,真正符合农村商业银行的实际发展需要。
